Thiền bắt nguồn từ Ấn Độ nhưng đã trở thành một tông phái độc lập khi được truyền sang Trung Quốc, đặc biệt là sau thời của Lục tổ Huệ Năng. Nơi đây, Thiền tông đã hấp thụ cốt tuỷ của nền văn hoá, triết lý Trung Quốc. Nhà Ấn Độ học và Phật học người Đức Hans Wolfgang Schumann viết như sau trong tác phẩm Đại thừa Phật giáo (Mahāyāna-Buddhismus):

"Thiền tông có một người cha Ấn Độ nhưng đã chẳng trở nên trọn vẹn nếu không có người mẹ Trung Quốc. Cái 'dễ thương', cái hấp dẫn của Thiền tông chính là những thành phần văn hoá nghệ thuật, những đặc điểm sắc thái riêng của Trung Quốc, không phải của Ấn Độ. Những gì Phật giáo mang đến Trung Quốc — với tư tưởng giải thoát tuyệt đối, trình bày một cách nghiêm nghị khắt khe với một ngón tay trỏ chỉ thẳng — những điều đó được các vị Thiền sư thừa nhận, hấp thụ với một nụ cười thầm lặng đầy thi vị. Thành tựu lớn lao của các Đại luận sư Ấn Độ là nhét 'con ngỗng triết lý' vào lọ, thì — chính nơi đây, tại Trung Quốc — con ngỗng này được thả về với thiên nhiên mà không hề mang thương tích."

Thiền, như các vị Thiền sư nhấn mạnh, là trở về với tự nhiên, không hẳn là sự phản đối truyền thống như những học giả sau này thường xác định. Thiền tông phản bác, vứt bỏ những nghi thức rườm rà, những bài luận khó hiểu, bất tận nhưng không phủ nhận nội dung, tinh hoa của chúng. Thiền tông chính là sự tổng hợp độc đáo của hai giáo lý, hai học thuyết nền tảng của Đại thừa Ấn Độ, đó là Trung quán (zh. 中觀, sa. mādhyamika) và Duy thức (zh. 唯識, sa. vijñānavādin). Người ta có thể hiểu phần nào những hành động, lời nói, phương pháp hoằng hoá "mâu thuẫn", "nghịch lý" của các vị Thiền sư nếu nắm được giáo lý của Trung quán và Duy thức. Trong các tập công án của Thiền tông, người ta có thể nhận ra hai loại:

1. Những công án xoay quanh thuyết Thật tướng (zh. 實相) của Trung quán tông (sa. mādhyamika), tức là tất cả đều là Không (sa. śūnyatā). Công án danh tiếng nhất với thuyết tính Không là Con chó của Triệu Châu (Vô môn quan 1): Tăng hỏi Triệu Châu: "Con chó có Phật tính không?" Triệu Châu trả lời: "Không!" (vô 無).
2. Những công án với khái niệm "Vạn pháp duy tâm" (zh. 萬法唯心, sa. cittamātra) của Duy thức tông. Một công án danh tiếng theo thuyết Duy thức (Vô môn quan 29): Hai ông tăng cãi nhau về phướn (một loại cờ). Một ông nói: "Phướn động", ông kia nói: "Gió động", và cứ thế tranh cãi. Lục tổ Huệ Năng liền nói: "Chẳng phải gió, chẳng phải phướn, tâm các ông động". Nghe câu này, hai vị giật mình run sợ.